工學院旨在培育具備先進工程科技理論與實作能力，並兼具人文素養之工程人才，使學生具備國際競爭之工程分析與技術能力，以及有效溝通與團隊合作能力。工學院無論在教師專長聘任、研究計畫及產學合作的承接，以及課程的設計皆與海洋有密切的關係。此外，本學院相關研究中心或實驗館，諸如海洋能源及政策研究中心、海洋工程綜合實驗館、近海防災科技研究中心、水下噪音暨流體動力研究中心、振動噪音工程研究中心等，所執行之研究計畫都具有海洋特色。在課程設計上，機械系以固體力學與材料、熱流、機電控制、機械設計與製造、微系統五大領域為基礎，跨領域整合資訊、電子、醫工、材料、光學、造船、量子物理、海洋工程等科技技術；造船系則是以造船工程為主，連結相關之結構、流力、機電與管理各領域之主要媒介，透過「系統思考」及「系統方法」架構一完整知識系統。河工系之教學旨在培育土木、水利及海洋工程之基礎知識與專業能力兼具，理論與實務並重之專業工程人才；海洋工程科技博士學位學程與海洋工程科技學士學位學程以海洋工程科技為發展主軸，除專攻海洋能源及離岸風電海洋工程技術外，並兼蓄水下技術與海岸、港灣等工程。